Jusque fin 2011, le traitement standard était une bithérapie associant l'interféron pégylé administré sous une forme injectable sous-cutanée une fois par semaine et la ribavirine par voie orale en deux prises quotidiennes (traitement de 6 mois à 1 an selon le génotype viral). Depuis, le nouveau traitement de référence associe l'interféron pégylé, la ribavirine, ainsi qu'un inhibiteur de protéase : le bocéprévir ou le télaprévir.

Le traitement de l'hépatite C est d'autant plus efficace qu'instauré précocement. La guérison survient aujourd'hui dans 60-70% des cas en moyenne (élimination du virus), mais ce pourcentage varie selon le génotype viral, les génotypes 2 et 3 étant les plus « favorables » et selon le « profil » du patient (patient jamais traité ou traité antérieurement).

Les récentes et futures avancées thérapeutiques laissent à penser que le pourcentage de patients guéris augmentera dans les prochaines années avec des traitements plus courts et mieux tolérés.